John Rain, tueur à gages spécialisé dans les « morts naturelles », se retrouve traqué par la mafia japonaise et la CIA après sa dernière mission. Aidé de son ami Tatsu, agent du FBI japonais, il se lance dans une guerre contre ses anciens employeurs. Dans les rues de Tokyo, il croise la route de Murakami, un redoutable yakuza. Sa rencontre avec Naomi, une belle métisse, va bouleverser sa vie. Entre combats mortels et intrigues, John devra affronter son destin.